吉水古称石阳县，建县时间为东汉永元八年（公元96年），县治设今醪桥镇固洲村，距今有1900年历史。

春秋战国   夏时隶扬州，周初为吴地，战国时属楚。

秦  始皇二十六年（公元前221年），创郡县制，分天下为36郡。吉水属庐陵县，隶九江郡。

西汉  高帝元年（公元前206年），吉水属庐陵县，隶九江王国。汉高帝四年（公元前203年），分九江地立豫章郡，吉水地属庐陵县，隶豫章郡。［新］王莽始建国元年（公元9年），改豫章郡为九江郡，改庐陵为桓亭，吉水地尽属之。

东汉  光武帝建武元年（公元25年），改九江郡为豫章郡，桓亭复称庐陵，吉水属之。和帝永元八年（公元96年），析新淦、庐陵地置石阳县（县治设今醪桥镇固洲）。献帝建安四年（公元199年），析豫章郡置庐陵郡，吉水地属石阳县，隶庐陵郡。

三国  吴末帝宝鼎二年（公元267年），析庐陵郡之石阳、阳城地置吉阳县。

晋  太康元年（公元280年），分扬州地立江州，庐陵郡属之。

隋  开皇十年（公元590年），废庐陵郡立吉州，将石阳、吉阳二县并入庐陵县。大业三年（公元607年），改吉州为庐陵郡，将郡治移于原石阳县治旧址（今醪桥镇固州）。大业末（公元615～617年），分庐陵县水东的顺化（又作淳化、舜化、纯化）、文昌（又作永昌）、折桂、中鹄、仁寿、兴平、明德、永丰、龙云（含报恩）、云盖、迁恩（又作迁莺）十一乡置吉水县。

唐  武德五年(公元622年），庐陵郡复改吉州。永淳元年（公元682年），徙吉州治于庐陵县治。玄宗天宝元年（公元742年），改吉州为庐陵郡。天宝十四年（755年），吉水改县为镇（镇治设今城南）。肃宗乾元元年（公元758年），庐陵郡复改吉州。

十国   吴高祖天祐七年（公元910，用唐年号），扬吴得吉州，沿承唐制。吉水由镇复县，以新淦为都制置使治所，旋移吉水，寻废。南唐烈祖昇元元年（937年），南唐建立，承继吴制。复置新淦都制置使；次年罢新淦都制置使，吉水由县改场，隶吉州。元宗保大八年（公元950年），吉水由场改县，属吉州。

宋  开宝八年（公元975年），南唐灭，吉州改称吉州庐陵郡兼军事，吉水属之。太平兴国元年（公元976年），分江南东、西路，吉水属江南西路。仁宗至和元年（公元1054年），析吉水县之兴平、明德、永丰、龙云（含报恩镇）、云盖五乡置永丰县。哲宗元祐七年（公元1092年），庐陵县以同水乡及新嘉里换吉水之顺化乡。高宗绍兴二十一年（公元1151年）复析吉水之迁恩乡，归永丰县管辖。         

元  世祖至元十四年（公元1277年），改吉州庐陵郡兼军事为吉州路总管府，隶江西行省。成宗元贞元年（公元1295年），吉水由县升州，隶属未变。仁宗皇庆元年（公元1312），改吉州路总管府为吉安路，至正二十二年（公元1362年）朱元璋取江西，改吉安路为吉安府。

明  洪武二年（公元1369年），吉水降州为县。洪武九年（公元1376年），改江西行省为江西承宣布政使司，下设五道，吉安府属湖西道，吉水属之。

清  因袭明制。

民国  1912年冬废府,吉水县直属江西省。 1914年，省下置四道（豫章、浔阳、庐陵、赣南），吉水属庐陵道。1926年废道，吉水县直属江西省。第二次国内革命战争时期（公元1927～1934年）苏区分别成立庐吉县、公略县、新峡县，国统区仍称吉水县。1931年吉水属吉安区；1932年属江西省第九行政区；1935年改属江西省第三行政区。

中华人民共和国   1949年7月14日吉水解放，7月15日吉水县委、县人民政府宣布成立，隶属吉安专区。1950年9月隶属吉安区；1955年3月隶属吉安专区。1968年2月属井冈山专区。1971年1月属井冈山地区。1979年7月属吉安地区。2000年5月隶属吉安市。